Implantado em 2004, o curso de Fisioterapia da Unochapecó formou 02 turmas até agora, totalizando mais de 60 profissionais egressos. Neste semestre o curso conta com 211  alunos matriculados, em nove períodos (do 1º ao 9º). Do total de alunos, 39 são calouros.

Atualmente o curso é coordenado pelo professor Vinícius Brandalise, graduado em Fisioterapia pela Udesc, especialista em Fisioterapia Ortopédica e Traumatológica pela Faculdade de Ciências da Saúde de Joinville,  e mestre Engenharia Biomédica pela Univap – Universidade do Vale do Paraíba.

As aulas do curso de Fisioterapia são pela manhã e à tarde. Anualmente são oferecidas 45 vagas, com ingresso no primeiro semestre letivo. O graduado neste curso recebe o título de Bacharel em Fisioterapia.